NPIDB: Families of interaction class

Pfam and SCOP domain families with determined protein-DNA interaction classes

Interaction classes of Pfam domains

Pfam Domain Family	Number of structures	Number of domains	Interaction class Interaction modes
Histone (PF00125.26)	2177	93	H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
TAL_effector (PF03377.15)	791	38	Miscellaneous H-Bb H-Bb H-Mj L-Mj H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb L-Mj L-Bb L-Bb L-Mj L-Mj
CENP-T_C (PF15511.8)	726	13	H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb
Histone_H2A_C (PF16211.7)	718	32	L-Bb L-Bb L-Bb L-Mj
DNA_pol_B_thumb (PF14791.8)	604	9	H-Bb H-Mn S-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn
DNA_pol_lambd_f (PF10391.11)	573	8	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb L-Bb
DNA_pol_B_palm (PF14792.8)	572	14	S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
RNA_pol_Rpb1_5 (PF04998.19)	513	44	Miscellaneous H-Bb L-Bb
IMS (PF00817.22)	480	10	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj
IMS_C (PF11799.10)	471	12	S-Bb H-Bb S-Bb H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj S-Bb S-Mj L-Bb
RNA_pol_Rpb1_1 (PF04997.14)	457	39	L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb L-Bb
RVT_1 (PF00078.29)	341	14	H-Bb H-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
zf-H2C2_2 (PF13465.8)	305	61	Miscellaneous H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Bb S-Bb
RVT_connect (PF06815.15)	282	4	H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj
RVT_thumb (PF06817.16)	282	4	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn
IMS_HHH (PF11798.10)	277	5	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb
DNA_pol_B_exo1 (PF03104.21)	271	26	Miscellaneous H-Bb H-Bb L-Bb H-Mn L-Bb L-Bb L-Bb L-Mj
DNA_pol_A (PF00476.22)	257	15	H-Bb H-Mn S-Bb L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb L-Mn
RNase_H (PF00075.26)	249	8	L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn L-Bb
DNA_pol_B (PF00136.23)	228	17	H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn
Homeodomain (PF00046.31)	196	48	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
Toprim (PF01751.24)	194	16	H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn
zf-C4 (PF00105.20)	190	27	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
TBP (PF00352.23)	190	10	S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
LAGLIDADG_1 (PF00961.21)	189	25	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
DNA_topoisoIV (PF00521.22)	189	14	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
P53 (PF00870.20)	152	4	H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
Exo_endo_phos (PF03372.25)	152	11	H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
DNA_gyraseB_C (PF00986.23)	147	16	H-Bb H-Bb H-Bb L-Bb
TetR_N (PF00440.25)	140	28	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
HTH_3 (PF01381.24)	140	18	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
Fapy_DNA_glyco (PF01149.26)	105	9	L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
HhH-GPD (PF00730.27)	105	9	H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
H2TH (PF06831.16)	105	14	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn
Phage_integrase (PF00589.24)	92	7	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
HMG_box (PF00505.21)	88	21	H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mn
Ets (PF00178.24)	84	17	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
zf-FPG_IleRS (PF06827.16)	81	7	Miscellaneous L-Bb S-Bb L-Bb L-Mj S-Bb L-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
HLH (PF00010.28)	80	22	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Mj
TFIIB (PF00382.21)	79	9	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb
DNA_methylase (PF00145.19)	78	7	H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
LacI (PF00356.23)	74	5	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
HTH_Crp_2 (PF13545.8)	72	8	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
RHD_DNA_bind (PF00554.24)	71	11	H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
RHD_dimer (PF16179.7)	70	9	L-Bb L-Bb S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mj
Myb_DNA-binding (PF00249.33)	68	22	H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb
MerR_1 (PF13411.8)	62	10	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
Bac_DNA_binding (PF00216.23)	60	11	S-Bb H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mj S-Bb S-Mn L-Bb
MarR (PF01047.24)	58	11	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
z-alpha (PF02295.19)	58	11	H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
SRF-TF (PF00319.20)	54	4	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb
UDG (PF03167.21)	54	10	H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
XPG_N (PF00752.19)	53	13	H-Bb H-Bb H-Mj H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
XPG_I (PF00867.20)	52	7	L-Bb H-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Bb S-Bb L-Bb
MutS_III (PF05192.20)	50	5	L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Bb S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mj
MutS_I (PF01624.22)	50	7	L-Bb H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb H-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb
MBD (PF01429.21)	49	9	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
Trans_reg_C (PF00486.30)	49	7	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
MutS_IV (PF05190.20)	46	4	L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Bb S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mj
SAD_SRA (PF02182.19)	45	6	H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
Forkhead (PF00250.20)	43	15	H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
Cdd1 (PF11731.10)	42	4	H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb
zf-C2H2 (PF00096.28)	39	15	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Mj H-Bb L-Bb
bZIP_2 (PF07716.17)	38	4	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj
GerE (PF00196.21)	36	6	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
MH1 (PF03165.18)	35	10	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
Zn_clus (PF00172.20)	34	8	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
Myb_DNA-bind_6 (PF13921.8)	34	12	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb
bZIP_1 (PF00170.23)	34	12	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb
HMG_box_2 (PF09011.12)	34	5	H-Bb H-Mj H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mn
GntR (PF00392.23)	31	5	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
Runt (PF00853.21)	30	4	S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
HIN (PF02760.17)	29	7	L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Bb S-Bb L-Bb
DNA_ligase_A_M (PF01068.23)	28	8	S-Bb L-Bb H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb L-Mn
TOPRIM_C (PF16898.7)	28	3	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mn H-Bb H-Mn L-Bb L-Mj
Pou (PF00157.19)	28	7	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
GATA (PF00320.29)	28	7	H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
zf-CXXC (PF02008.22)	26	13	L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
MethyltransfD12 (PF02086.17)	26	4	H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
DNA_photolyase (PF00875.20)	23	5	L-Bb H-Bb L-Bb L-Bb
T-box (PF00907.24)	22	8	H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
LAG1-DNAbind (PF09271.13)	22	4	L-Bb L-Mj L-Bb L-Mj
IRF (PF00605.19)	21	5	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
CBFD_NFYB_HMF (PF00808.25)	21	11	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb H-Bb L-Bb
Topoisom_I (PF01028.22)	20	6	H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
T_Ag_DNA_bind (PF02217.18)	19	4	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
B3 (PF02362.23)	19	5	H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
MazE_antitoxin (PF04014.20)	18	5	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
HSF_DNA-bind (PF00447.19)	18	4	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
PhdYeFM_antitox (PF02604.21)	16	5	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
Topo_C_assoc (PF14370.8)	16	5	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb
Homeobox_KN (PF05920.13)	14	3	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb
bZIP_Maf (PF03131.19)	14	4	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj
RQC (PF09382.12)	12	4	S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
AGT (PF11440.10)	11	5	H-Bb H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn
DNA_ligase_OB_2 (PF14743.8)	10	3	H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
CBFB_NFYA (PF02045.17)	9	6	H-Bb H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
ZapB (PF06005.14)	8	3	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj
PAX (PF00292.20)	6	4	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
Tet_JBP (PF12851.9)	6	4	L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Bb
Zn-ribbon_8 (PF09723.12)	3	3	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
HHH_2 (PF12826.9)	3	3	H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb

Interaction classes of SCOP domains

Note: this data is based only on structures available at the moment of the last SCOP release (2009)

Export table

SCOP Domain Family	Number of structures	Number of domains	Interaction class Interaction modes	Ax-bend	MnG width	MnG depth	MjG width	MjG depth
Nucleosome core histones (a.22.1.1)	255	23	H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn L-Bb L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mn	1.0 (0.0–2.6)	6.1 (6.0–6.4)	4.9 (4.7–5.1)	11.0 (10.0–12.0)	4.6 (3.9–5.4)
DnaQ-like 3'-5' exonuclease (c.55.3.5)	127	9	L-Bb H-Bb H-Bb L-Bb H-Bb L-Mj H-Mn L-Bb L-Bb L-Bb L-Mj L-Mn L-Mj S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj	–	–	–	–	–
Classic zinc finger, C2H2 (g.37.1.1)	95	22	Miscellaneous H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Bb L-Bb L-Mn	0.7 (0.1–2.2)	7.5 (6.2–9.0)	4.4 (3.8–5.1)	11.3 (10.0–12.6)	2.0 (-0.6–4.5)
TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain (d.129.1.1)	86	8	S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Mn L-Bb	3.6 (2.8–5.4)	11.9 (11.7–12.2)	-0.5 (-1.0–-0.2)	–	–
Lambda integrase-like, catalytic core (d.163.1.1)	68	3	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn	1.6 (1.4–1.9)	6.0 (5.7–6.4)	4.7 (4.6–4.9)	12.2 (11.3–13.1)	5.3 (5.2–5.4)
Homeodomain (a.4.1.1)	58	19	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Mj H-Bb H-Mj L-Mn	1.1 (0.4–2.5)	5.9 (4.3–7.9)	4.8 (4.0–5.5)	12.5 (11.3–15.2)	4.5 (0.5–6.6)
NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain (b.1.18.1)	56	9	Miscellaneous L-Bb S-Bb S-Bb L-Bb	–	–	–	–	–
Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain (b.2.5.3)	54	8	H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Bb L-Mj L-Mj S-Bb S-Mj L-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj S-Mj L-Bb L-Mj	1.2 (0.6–1.8)	5.0 (3.6–5.8)	5.3 (5.1–5.5)	12.1 (11.5–12.7)	4.4 (3.8–5.0)
GalR/LacI-like bacterial regulator (a.35.1.5)	53	3	H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Mn L-Bb L-Bb	3.4 (3.0–3.7)	8.4 (8.1–8.7)	4.3 (3.8–4.7)	12.7 (12.2–13.3)	3.4 (2.5–4.2)
Leucine zipper domain II (h.1.3.1)	50	9	H-Bb H-Mj H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb	0.7 (0.3–1.1)	7.2 (5.9–8.0)	4.5 (4.0–5.1)	13.1	2.1
Nuclear receptor (g.39.1.2)	46	12	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mn	0.9 (0.2–2.0)	6.5 (4.2–7.6)	4.8 (4.5–5.2)	12.3 (12.0–12.8)	4.0 (2.0–5.8)
Group I mobile intron endonuclease (d.95.2.1)	40	7	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Mj L-Bb L-Mj	1.8 (0.5–2.9)	6.2 (5.0–7.1)	4.9 (4.2–5.6)	13.9 (12.9–15.1)	4.2 (2.3–5.8)
N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins (b.113.1.1)	27	4	S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb L-Bb L-Mn	0.5 (0.4–0.6)	–	–	–	–
C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins (g.39.1.8)	27	4	Miscellaneous L-Bb L-Bb L-Mj S-Bb S-Bb L-Bb S-Mj L-Bb	0.3 (0.3–0.4)	–	–	–	–
Phage repressors (a.35.1.2)	24	5	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Bb L-Mn	1.8 (1.0–2.6)	7.1 (5.9–8.2)	4.6 (4.3–4.9)	12.5 (11.8–13.6)	4.2 (2.4–5.5)
HLH, helix-loop-helix DNA-binding domain (a.38.1.1)	23	8	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb	1.0 (0.2–2.6)	7.9 (7.2–8.3)	4.1 (3.1–4.6)	11.2	1.9
SRF-like (d.88.1.1)	22	4	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Mn L-Bb	2.7 (1.6–3.6)	6.7 (5.3–8.4)	5.1 (4.3–5.7)	10.9 (10.3–12.2)	4.1 (3.0–5.2)
Recombinase DNA-binding domain (a.4.1.2)	21	5	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Mj L-Bb	1.7 (1.0–2.4)	5.5 (3.6–6.2)	5.5 (5.3–5.8)	11.2 (10.4–12.4)	3.6 (1.8–5.8)
Middle domain of MutM-like DNA repair proteins (a.156.1.2)	21	4	Miscellaneous H-Bb L-Bb L-Mn	0.2	–	–	–	–
ets domain (a.4.5.21)	20	7	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn L-Bb	0.9 (0.5–1.5)	8.2 (7.3–10.5)	3.8 (3.0–4.4)	13.6	6.3
Zn2/Cys6 DNA-binding domain (g.38.1.1)	20	5	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj H-Mj L-Bb L-Mj H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb L-Mj L-Mn	1.5 (0.8–2.5)	7.4 (4.7–10.9)	4.1 (1.1–5.8)	11.3 (11.1–11.5)	0.6 (-1.2–2.5)
Leucine zipper domain I (h.1.3.1)	20	5	H-Bb H-Bb H-Bb L-Bb L-Bb S-Bb S-Mn	1.0	11.9	1.5	–	–
Interferon regulatory factor (a.4.5.23)	18	3	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	1.6 (0.3–2.8)	5.8 (3.6–7.6)	5.2 (5.0–5.4)	11.0 (10.5–11.4)	5.1 (4.9–5.3)
Prokaryotic DNA-bending protein (a.55.1.1)	18	3	H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn	2.4 (0.6–5.6)	11.0 (10.8–11.1)	1.1 (0.3–1.9)	11.3	-1.2
Transcription factor IIB (TFIIB), core domain (a.74.1.2)	16	4	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mj	0.3	9.2	3.3	–	–
Myb/SANT domain (a.4.1.3)	14	6	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb	0.5 (0.1–0.6)	6.4	4.5	–	–
HMG-box (a.21.1.1)	14	8	H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mn H-Mn L-Bb L-Mn	5.1 (3.5–8.1)	10.9 (10.1–11.2)	1.2 (-0.1–2.0)	10.6 (9.6–11.4)	4.8 (0.4–7.5)
POU-specific domain (a.35.1.1)	12	3	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj	0.8 (0.7–0.9)	9.8	0.6	11.4	1.2
Paired domain (a.4.1.5)	10	6	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn	1.2 (0.2–1.8)	7.8 (7.6–8.0)	4.7 (4.6–4.9)	9.7 (9.3–9.9)	5.7 (5.0–6.2)
AraC type transcriptional activator (a.4.1.8)	10	4	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb	0.7 (0.3–1.4)	–	–	–	–
Viral DNA-binding domain (d.58.8.1)	9	4	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	2.8 (2.1–3.9)	7.1 (6.3–8.8)	4.6 (4.0–5.0)	8.4	5.2
Zinc finger design (k.12.1.1)	9	3	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Mj L-Bb L-Mj	1.1 (1.0–1.3)	6.3 (4.9–7.1)	4.6 (4.5–4.8)	13.2 (12.5–13.8)	5.8 (5.5–6.3)
Replication initiation protein (a.4.5.10)	8	4	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	0.7 (0.4–1.1)	7.5	4.6	12.5	5.6
Restriction endonuclease FokI, N-terminal (recognition) domain (a.4.5.12)	3	3	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb	1.1 (0.8–1.4)	–	–	12.6	-0.4