NPIDB: Families of interaction class

SCOP Domain Family	Number of structures	Number of domains	Interaction class Interaction modes	Ax-bend	MnG width	MnG depth	MjG width	MjG depth
Nucleosome core histones (a.22.1.1)	255	23	H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn L-Bb L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mn	1.0 (0.0–2.6)	6.1 (6.0–6.4)	4.9 (4.7–5.1)	11.0 (10.0–12.0)	4.6 (3.9–5.4)
DnaQ-like 3'-5' exonuclease (c.55.3.5)	127	9	L-Bb H-Bb H-Bb L-Bb H-Bb L-Mj H-Mn L-Bb L-Bb L-Bb L-Mj L-Mn L-Mj S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj	–	–	–	–	–
Classic zinc finger, C2H2 (g.37.1.1)	95	22	Miscellaneous H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Bb L-Bb L-Mn	0.7 (0.1–2.2)	7.5 (6.2–9.0)	4.4 (3.8–5.1)	11.3 (10.0–12.6)	2.0 (-0.6–4.5)
TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain (d.129.1.1)	86	8	S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Mn L-Bb	3.6 (2.8–5.4)	11.9 (11.7–12.2)	-0.5 (-1.0–-0.2)	–	–
Lambda integrase-like, catalytic core (d.163.1.1)	68	3	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn	1.6 (1.4–1.9)	6.0 (5.7–6.4)	4.7 (4.6–4.9)	12.2 (11.3–13.1)	5.3 (5.2–5.4)
Homeodomain (a.4.1.1)	58	19	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Mj H-Bb H-Mj L-Mn	1.1 (0.4–2.5)	5.9 (4.3–7.9)	4.8 (4.0–5.5)	12.5 (11.3–15.2)	4.5 (0.5–6.6)
NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain (b.1.18.1)	56	9	Miscellaneous L-Bb S-Bb S-Bb L-Bb	–	–	–	–	–
Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain (b.2.5.3)	54	8	H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Bb L-Mj L-Mj S-Bb S-Mj L-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj S-Mj L-Bb L-Mj	1.2 (0.6–1.8)	5.0 (3.6–5.8)	5.3 (5.1–5.5)	12.1 (11.5–12.7)	4.4 (3.8–5.0)
GalR/LacI-like bacterial regulator (a.35.1.5)	53	3	H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Mn L-Bb L-Bb	3.4 (3.0–3.7)	8.4 (8.1–8.7)	4.3 (3.8–4.7)	12.7 (12.2–13.3)	3.4 (2.5–4.2)
Leucine zipper domain II (h.1.3.1)	50	9	H-Bb H-Mj H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb	0.7 (0.3–1.1)	7.2 (5.9–8.0)	4.5 (4.0–5.1)	13.1	2.1
Nuclear receptor (g.39.1.2)	46	12	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mn	0.9 (0.2–2.0)	6.5 (4.2–7.6)	4.8 (4.5–5.2)	12.3 (12.0–12.8)	4.0 (2.0–5.8)
Group I mobile intron endonuclease (d.95.2.1)	40	7	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Mj L-Bb L-Mj	1.8 (0.5–2.9)	6.2 (5.0–7.1)	4.9 (4.2–5.6)	13.9 (12.9–15.1)	4.2 (2.3–5.8)
N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins (b.113.1.1)	27	4	S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb L-Bb L-Mn	0.5 (0.4–0.6)	–	–	–	–
C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins (g.39.1.8)	27	4	Miscellaneous L-Bb L-Bb L-Mj S-Bb S-Bb L-Bb S-Mj L-Bb	0.3 (0.3–0.4)	–	–	–	–
Phage repressors (a.35.1.2)	24	5	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Bb L-Mn	1.8 (1.0–2.6)	7.1 (5.9–8.2)	4.6 (4.3–4.9)	12.5 (11.8–13.6)	4.2 (2.4–5.5)
HLH, helix-loop-helix DNA-binding domain (a.38.1.1)	23	8	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb	1.0 (0.2–2.6)	7.9 (7.2–8.3)	4.1 (3.1–4.6)	11.2	1.9
SRF-like (d.88.1.1)	22	4	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Mn L-Bb	2.7 (1.6–3.6)	6.7 (5.3–8.4)	5.1 (4.3–5.7)	10.9 (10.3–12.2)	4.1 (3.0–5.2)
Recombinase DNA-binding domain (a.4.1.2)	21	5	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Mj L-Bb	1.7 (1.0–2.4)	5.5 (3.6–6.2)	5.5 (5.3–5.8)	11.2 (10.4–12.4)	3.6 (1.8–5.8)
Middle domain of MutM-like DNA repair proteins (a.156.1.2)	21	4	Miscellaneous H-Bb L-Bb L-Mn	0.2	–	–	–	–
ets domain (a.4.5.21)	20	7	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn L-Bb	0.9 (0.5–1.5)	8.2 (7.3–10.5)	3.8 (3.0–4.4)	13.6	6.3
Zn2/Cys6 DNA-binding domain (g.38.1.1)	20	5	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj H-Mj L-Bb L-Mj H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb L-Mj L-Mn	1.5 (0.8–2.5)	7.4 (4.7–10.9)	4.1 (1.1–5.8)	11.3 (11.1–11.5)	0.6 (-1.2–2.5)
Leucine zipper domain I (h.1.3.1)	20	5	H-Bb H-Bb H-Bb L-Bb L-Bb S-Bb S-Mn	1.0	11.9	1.5	–	–
Interferon regulatory factor (a.4.5.23)	18	3	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	1.6 (0.3–2.8)	5.8 (3.6–7.6)	5.2 (5.0–5.4)	11.0 (10.5–11.4)	5.1 (4.9–5.3)
Prokaryotic DNA-bending protein (a.55.1.1)	18	3	H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn	2.4 (0.6–5.6)	11.0 (10.8–11.1)	1.1 (0.3–1.9)	11.3	-1.2
Transcription factor IIB (TFIIB), core domain (a.74.1.2)	16	4	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mj	0.3	9.2	3.3	–	–
Myb/SANT domain (a.4.1.3)	14	6	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb	0.5 (0.1–0.6)	6.4	4.5	–	–
HMG-box (a.21.1.1)	14	8	H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mn H-Mn L-Bb L-Mn	5.1 (3.5–8.1)	10.9 (10.1–11.2)	1.2 (-0.1–2.0)	10.6 (9.6–11.4)	4.8 (0.4–7.5)
POU-specific domain (a.35.1.1)	12	3	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj	0.8 (0.7–0.9)	9.8	0.6	11.4	1.2
Paired domain (a.4.1.5)	10	6	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn	1.2 (0.2–1.8)	7.8 (7.6–8.0)	4.7 (4.6–4.9)	9.7 (9.3–9.9)	5.7 (5.0–6.2)
AraC type transcriptional activator (a.4.1.8)	10	4	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb	0.7 (0.3–1.4)	–	–	–	–
Viral DNA-binding domain (d.58.8.1)	9	4	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	2.8 (2.1–3.9)	7.1 (6.3–8.8)	4.6 (4.0–5.0)	8.4	5.2
Zinc finger design (k.12.1.1)	9	3	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Mj L-Bb L-Mj	1.1 (1.0–1.3)	6.3 (4.9–7.1)	4.6 (4.5–4.8)	13.2 (12.5–13.8)	5.8 (5.5–6.3)
Replication initiation protein (a.4.5.10)	8	4	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	0.7 (0.4–1.1)	7.5	4.6	12.5	5.6
Restriction endonuclease FokI, N-terminal (recognition) domain (a.4.5.12)	3	3	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb	1.1 (0.8–1.4)	–	–	12.6	-0.4

255

23

H-Bb S-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj S-Mn L-Bb L-Mn
H-Bb L-Bb
H-Bb L-Bb L-Mn
H-Bb S-Bb
H-Bb S-Bb L-Bb
H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn
H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb
H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
L-Bb
L-Bb L-Mn
S-Bb L-Bb
S-Bb L-Bb L-Mn

1.0 (0.0–2.6)

6.1 (6.0–6.4)

4.9 (4.7–5.1)

11.0 (10.0–12.0)

4.6 (3.9–5.4)

DnaQ-like 3'-5' exonuclease
(c.55.3.5)

127

9

L-Bb
H-Bb
H-Bb L-Bb
H-Bb L-Mj
H-Mn L-Bb
L-Bb
L-Bb L-Mj L-Mn
L-Mj
S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj

–

Classic zinc finger, C2H2
(g.37.1.1)

95

22

Miscellaneous
H-Bb
H-Bb H-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj L-Mj
H-Bb H-Mj S-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj S-Bb L-Mj
H-Bb L-Bb
L-Bb
L-Bb L-Mn

0.7 (0.1–2.2)

7.5 (6.2–9.0)

4.4 (3.8–5.1)

11.3 (10.0–12.6)

2.0 (-0.6–4.5)

TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain
(d.129.1.1)

86

8

S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
S-Bb S-Mn L-Bb
S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
S-Mn L-Bb

3.6 (2.8–5.4)

11.9 (11.7–12.2)

-0.5 (-1.0–-0.2)

–

Lambda integrase-like, catalytic core
(d.163.1.1)

68

3

H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
H-Bb L-Bb L-Mn
H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn

1.6 (1.4–1.9)

6.0 (5.7–6.4)

4.7 (4.6–4.9)

12.2 (11.3–13.1)

5.3 (5.2–5.4)

Homeodomain
(a.4.1.1)

58

19

H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj L-Mj
H-Bb H-Mj L-Mn

1.1 (0.4–2.5)

5.9 (4.3–7.9)

4.8 (4.0–5.5)

12.5 (11.3–15.2)

4.5 (0.5–6.6)

NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
(b.1.18.1)

56

9

Miscellaneous
L-Bb
S-Bb
S-Bb L-Bb

–

Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain
(b.2.5.3)

54

8

H-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Mj
H-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
L-Bb L-Mj
L-Mj
S-Bb S-Mj L-Bb
S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
S-Mj L-Bb L-Mj

1.2 (0.6–1.8)

5.0 (3.6–5.8)

5.3 (5.1–5.5)

12.1 (11.5–12.7)

4.4 (3.8–5.0)

GalR/LacI-like bacterial regulator
(a.35.1.5)

53

3

H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb
H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb L-Bb L-Mj
H-Mn L-Bb
L-Bb

3.4 (3.0–3.7)

8.4 (8.1–8.7)

4.3 (3.8–4.7)

12.7 (12.2–13.3)

3.4 (2.5–4.2)

Leucine zipper domain II
(h.1.3.1)

50

9

H-Bb H-Mj
H-Bb
H-Bb H-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb

0.7 (0.3–1.1)

7.2 (5.9–8.0)

4.5 (4.0–5.1)

13.1

2.1

Nuclear receptor
(g.39.1.2)

46

12

H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj
H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mn

0.9 (0.2–2.0)

6.5 (4.2–7.6)

4.8 (4.5–5.2)

12.3 (12.0–12.8)

4.0 (2.0–5.8)

Group I mobile intron endonuclease
(d.95.2.1)

40

7

H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb S-Mj L-Bb L-Mj

1.8 (0.5–2.9)

6.2 (5.0–7.1)

4.9 (4.2–5.6)

13.9 (12.9–15.1)

4.2 (2.3–5.8)

N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
(b.113.1.1)

27

4

S-Bb L-Bb
H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
L-Bb
S-Bb L-Bb
S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
S-Bb L-Bb L-Mn

0.5 (0.4–0.6)

–

C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins
(g.39.1.8)

27

4

Miscellaneous
L-Bb
L-Bb L-Mj
S-Bb
S-Bb L-Bb
S-Mj L-Bb

0.3 (0.3–0.4)

–

Phage repressors
(a.35.1.2)

24

5

H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
L-Bb L-Mn

1.8 (1.0–2.6)

7.1 (5.9–8.2)

4.6 (4.3–4.9)

12.5 (11.8–13.6)

4.2 (2.4–5.5)

HLH, helix-loop-helix DNA-binding domain
(a.38.1.1)

23

8

H-Bb H-Mj
H-Bb H-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb

1.0 (0.2–2.6)

7.9 (7.2–8.3)

4.1 (3.1–4.6)

11.2

1.9

SRF-like
(d.88.1.1)

22

4

H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj L-Mn
H-Bb L-Bb
H-Bb L-Mn
L-Bb

2.7 (1.6–3.6)

6.7 (5.3–8.4)

5.1 (4.3–5.7)

10.9 (10.3–12.2)

4.1 (3.0–5.2)

Recombinase DNA-binding domain
(a.4.1.2)

21

5

H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Mj L-Bb

1.7 (1.0–2.4)

5.5 (3.6–6.2)

5.5 (5.3–5.8)

11.2 (10.4–12.4)

3.6 (1.8–5.8)

Middle domain of MutM-like DNA repair proteins
(a.156.1.2)

21

4

Miscellaneous
H-Bb
L-Bb
L-Mn

0.2

–

ets domain
(a.4.5.21)

20

7

H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
L-Bb

0.9 (0.5–1.5)

8.2 (7.3–10.5)

3.8 (3.0–4.4)

13.6

6.3

Zn2/Cys6 DNA-binding domain
(g.38.1.1)

20

5

H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb L-Bb L-Mj
H-Mj L-Bb L-Mj
H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
L-Bb L-Mj L-Mn

1.5 (0.8–2.5)

7.4 (4.7–10.9)

4.1 (1.1–5.8)

11.3 (11.1–11.5)

0.6 (-1.2–2.5)

Leucine zipper domain I
(h.1.3.1)

20

5

H-Bb
H-Bb
H-Bb L-Bb
L-Bb
S-Bb S-Mn

1.0

11.9

1.5

–

Interferon regulatory factor
(a.4.5.23)

18

3

H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn

1.6 (0.3–2.8)

5.8 (3.6–7.6)

5.2 (5.0–5.4)

11.0 (10.5–11.4)

5.1 (4.9–5.3)

Prokaryotic DNA-bending protein
(a.55.1.1)

18

3

H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn
H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn
H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
S-Bb L-Bb L-Mn
S-Bb S-Mn
S-Bb S-Mn L-Bb
S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn

2.4 (0.6–5.6)

11.0 (10.8–11.1)

1.1 (0.3–1.9)

11.3

-1.2

Transcription factor IIB (TFIIB), core domain
(a.74.1.2)

16

4

H-Bb
H-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb L-Bb
H-Bb L-Bb L-Mj

0.3

9.2

3.3

–

Myb/SANT domain
(a.4.1.3)

14

6

H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb L-Bb

0.5 (0.1–0.6)

6.4

4.5

–

HMG-box
(a.21.1.1)

14

8

H-Bb H-Mn L-Bb
H-Bb H-Mn L-Bb
H-Bb H-Mn L-Bb L-Mn
H-Bb L-Bb L-Mn
H-Mn L-Bb L-Mn

5.1 (3.5–8.1)

10.9 (10.1–11.2)

1.2 (-0.1–2.0)

10.6 (9.6–11.4)

4.8 (0.4–7.5)

POU-specific domain
(a.35.1.1)

12

3

H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj

0.8 (0.7–0.9)

9.8

0.6

11.4

1.2

Paired domain
(a.4.1.5)

10

6

H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn

1.2 (0.2–1.8)

7.8 (7.6–8.0)

4.7 (4.6–4.9)

9.7 (9.3–9.9)

5.7 (5.0–6.2)

AraC type transcriptional activator
(a.4.1.8)

10

4

H-Bb
H-Bb
H-Bb H-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb L-Bb

0.7 (0.3–1.4)

–

Viral DNA-binding domain
(d.58.8.1)

9

4

H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn

2.8 (2.1–3.9)

7.1 (6.3–8.8)

4.6 (4.0–5.0)

8.4

5.2

Zinc finger design
(k.12.1.1)

9

3

H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj S-Mj L-Bb L-Mj

1.1 (1.0–1.3)

6.3 (4.9–7.1)

4.6 (4.5–4.8)

13.2 (12.5–13.8)

5.8 (5.5–6.3)

Replication initiation protein
(a.4.5.10)

8

4

H-Bb H-Mj L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn

0.7 (0.4–1.1)

7.5

4.6

12.5

5.6

Restriction endonuclease FokI, N-terminal (recognition) domain
(a.4.5.12)

3

H-Bb L-Bb
H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
H-Bb L-Bb

1.1 (0.8–1.4)

–

12.6

-0.4