NPIDB: Families of interaction class

Pfam and SCOP domain families with determined protein-DNA interaction classes

Interaction classes of Pfam domains

Pfam Domain Family	Number of structures	Number of domains	Interaction class Interaction modes
Histone (PF00125.23)	1079	64	H-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
TAL_effector (PF03377.12)	482	14	H-Bb H-Bb L-Mj H-Bb H-Bb L-Bb L-Mj
IMS (PF00817.19)	396	9	Miscellaneous H-Bb S-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb
CENP-T_C (PF15511.5)	363	12	H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb
RNA_pol_Rpb1_5 (PF04998.16)	271	15	Miscellaneous H-Bb H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn L-Bb
RNA_pol_Rpb2_2 (PF04561.13)	258	18	L-Bb L-Bb
RNA_pol_Rpb1_1 (PF04997.11)	241	17	Miscellaneous H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb
DNA_pol_B_exo1 (PF03104.18)	236	22	Miscellaneous H-Bb H-Bb L-Bb L-Bb L-Mj
RNA_pol_Rpb2_3 (PF04565.15)	235	15	Miscellaneous H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Mj L-Mj L-Bb L-Bb L-Mj L-Mn L-Mj L-Mj L-Mn
RNA_pol_Rpb2_1 (PF04563.14)	235	15	L-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb
IMS_HHH (PF11798.7)	218	4	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb
RVT_1 (PF00078.26)	214	11	S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
DNA_pol_A (PF00476.19)	208	11	H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn
IMS_C (PF11799.7)	207	7	S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj S-Bb S-Mj L-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
DNA_pol_B (PF00136.20)	200	12	H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn
RVT_thumb (PF06817.13)	174	3	H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb
RVT_connect (PF06815.12)	174	3	S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb
zf-C4 (PF00105.17)	168	24	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
Toprim (PF01751.21)	153	13	H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn
TBP (PF00352.20)	150	10	S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
Homeobox (PF00046.28)	141	43	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Mj
P53 (PF00870.17)	135	4	H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
DNA_topoisoIV (PF00521.19)	135	10	S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb H-Bb S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb H-Mj S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb
LAGLIDADG_1 (PF00961.18)	131	25	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
rve (PF00665.25)	130	5	H-Bb H-Mn H-Bb H-Mn L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb
DNA_gyraseB_C (PF00986.20)	117	13	H-Bb H-Bb H-Bb L-Bb H-Bb L-Mj
RNase_H (PF00075.23)	101	5	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn
HTH_3 (PF01381.21)	97	9	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
Phage_integrase (PF00589.21)	90	7	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
TetR_N (PF00440.22)	89	19	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
Sigma70_r2 (PF04542.13)	80	9	H-Bb H-Mj H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb
Sigma70_r4 (PF04545.15)	79	8	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
Sigma70_r3 (PF04539.15)	75	9	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj
RHD_DNA_bind (PF00554.21)	71	11	L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb L-Mj
RHD_dimer (PF16179.4)	69	9	Miscellaneous L-Bb S-Bb S-Bb L-Bb
Ets (PF00178.21)	68	16	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
LacI (PF00356.20)	63	4	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
HLH (PF00010.25)	60	19	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Mj
TFIIB (PF00382.18)	58	8	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb
HMG_box (PF00505.18)	57	17	H-Bb H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Mn H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
MarR (PF01047.21)	55	10	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj
MutS_I (PF01624.19)	50	7	L-Bb H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb H-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb
Trans_reg_C (PF00486.27)	49	6	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
MCM (PF00493.22)	48	7	L-Bb H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mj L-Bb
SRF-TF (PF00319.17)	44	4	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb
DNA_methylase (PF00145.16)	44	6	L-Bb H-Bb L-Bb L-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
Myb_DNA-binding (PF00249.30)	43	13	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
XPG_I (PF00867.17)	42	6	L-Bb L-Bb S-Bb L-Bb
Integrase_Zn (PF02022.18)	38	4	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj
Bac_DNA_binding (PF00216.20)	38	10	H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
TFIIA (PF03153.12)	38	7	S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb
Forkhead (PF00250.17)	35	11	H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb
UvrD_C (PF13361.5)	35	8	Miscellaneous H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb L-Mn L-Bb
ResIII (PF04851.14)	34	10	Miscellaneous H-Bb H-Bb L-Bb L-Bb L-Mn
GerE (PF00196.18)	34	5	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb
zf-C2H2 (PF00096.25)	33	12	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj
XPG_N (PF00752.16)	32	5	H-Bb H-Bb H-Mj H-Mn H-Bb H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
bZIP_1 (PF00170.20)	30	11	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb
HTH_Crp_2 (PF13545.5)	29	6	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
HTH_7 (PF02796.14)	29	5	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
UvrD-helicase (PF00580.20)	29	6	H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn
GATA (PF00320.26)	28	7	H-Bb H-Mj S-Mj L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Mj H-Bb H-Mj S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
Fe_dep_repress (PF01325.18)	28	3	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
Zn_clus (PF00172.17)	28	6	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
GntR (PF00392.20)	28	4	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
HIN (PF02760.14)	27	5	L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj S-Bb L-Bb
HMG_box_2 (PF09011.9)	26	5	H-Bb H-Mj H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mn
MethyltransfD12 (PF02086.14)	26	3	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj
RAG1 (PF12940.6)	26	7	Miscellaneous L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn
Pou (PF00157.16)	25	6	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
zf-CXXC (PF02008.19)	24	11	L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Mj L-Bb L-Mj L-Bb L-Mj L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb L-Bb L-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
Runt (PF00853.18)	24	3	S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
IRF (PF00605.16)	22	5	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn
T-box (PF00907.21)	22	8	S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn
Topoisom_I (PF01028.19)	20	6	H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
IN_DBD_C (PF00552.20)	20	3	S-Bb H-Bb S-Bb L-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb
MH1 (PF03165.15)	20	5	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
T_Ag_DNA_bind (PF02217.15)	19	4	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj
HSF_DNA-bind (PF00447.16)	17	4	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
RNA_pol_A_CTD (PF03118.14)	17	5	H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb
Topo_C_assoc (PF14370.5)	16	5	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb
BTD (PF09270.9)	16	4	S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn
LAG1-DNAbind (PF09271.10)	16	4	L-Bb L-Mj L-Bb L-Mj
bZIP_Maf (PF03131.16)	14	4	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj
Rep_N (PF08724.9)	14	3	H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mn S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
MazE_antitoxin (PF04014.17)	14	4	S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj S-Mj L-Bb L-Mj
TFIIE_alpha (PF02002.16)	14	5	Miscellaneous H-Mj L-Bb H-Bb
CBFD_NFYB_HMF (PF00808.22)	13	8	Miscellaneous H-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb
HHH_6 (PF14579.5)	12	3	H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb
Tra_M (PF05261.10)	12	3	S-Bb S-Mj H-Bb S-Bb S-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb S-Bb S-Mj
ERCC3_RAD25_C (PF16203.4)	9	3	Miscellaneous H-Bb L-Bb
Put_DNA-bind_N (PF06971.12)	9	3	H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Mj
SNF2_N (PF00176.22)	9	6	H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb
Penicillinase_R (PF03965.15)	8	3	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb
Myb_DNA-bind_6 (PF13921.5)	7	4	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj
PPV_E2_C (PF00511.16)	7	3	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb
HTH_18 (PF12833.6)	7	3	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb
DNA_ligase_A_M (PF01068.20)	7	3	L-Bb H-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb
PAX (PF00292.17)	6	4	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn
Cdc6_C (PF09079.10)	5	4	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn
E2F_TDP (PF02319.19)	4	4	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj
Rep_3 (PF01051.20)	4	3	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn

Interaction classes of SCOP domains

Note: this data is based only on structures available at the moment of the last SCOP release (2009)

Export table

SCOP Domain Family	Number of structures	Number of domains	Interaction class Interaction modes	Ax-bend	MnG width	MnG depth	MjG width	MjG depth
Nucleosome core histones (a.22.1.1)	255	23	H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb H-Bb S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn L-Bb L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mn	1.0 (0.0–2.6)	6.1 (6.0–6.4)	4.9 (4.7–5.1)	11.0 (10.0–12.0)	4.6 (3.9–5.4)
DnaQ-like 3'-5' exonuclease (c.55.3.5)	127	9	L-Bb H-Bb H-Bb L-Bb H-Bb L-Mj H-Mn L-Bb L-Bb L-Bb L-Mj L-Mn L-Mj S-Bb S-Mj S-Mn L-Bb L-Mj	–	–	–	–	–
Classic zinc finger, C2H2 (g.37.1.1)	95	22	Miscellaneous H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Bb L-Bb L-Mn	0.7 (0.1–2.2)	7.5 (6.2–9.0)	4.4 (3.8–5.1)	11.3 (10.0–12.6)	2.0 (-0.6–4.5)
TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain (d.129.1.1)	86	8	S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Mn L-Bb	3.6 (2.8–5.4)	11.9 (11.7–12.2)	-0.5 (-1.0–-0.2)	–	–
Lambda integrase-like, catalytic core (d.163.1.1)	68	3	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn	1.6 (1.4–1.9)	6.0 (5.7–6.4)	4.7 (4.6–4.9)	12.2 (11.3–13.1)	5.3 (5.2–5.4)
Homeodomain (a.4.1.1)	58	19	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Mj H-Bb H-Mj L-Mn	1.1 (0.4–2.5)	5.9 (4.3–7.9)	4.8 (4.0–5.5)	12.5 (11.3–15.2)	4.5 (0.5–6.6)
NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain (b.1.18.1)	56	9	Miscellaneous L-Bb S-Bb S-Bb L-Bb	–	–	–	–	–
Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain (b.2.5.3)	54	8	H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Bb L-Mj L-Mj S-Bb S-Mj L-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj S-Mj L-Bb L-Mj	1.2 (0.6–1.8)	5.0 (3.6–5.8)	5.3 (5.1–5.5)	12.1 (11.5–12.7)	4.4 (3.8–5.0)
GalR/LacI-like bacterial regulator (a.35.1.5)	53	3	H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb L-Mj H-Mn L-Bb L-Bb	3.4 (3.0–3.7)	8.4 (8.1–8.7)	4.3 (3.8–4.7)	12.7 (12.2–13.3)	3.4 (2.5–4.2)
Leucine zipper domain II (h.1.3.1)	50	9	H-Bb H-Mj H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb	0.7 (0.3–1.1)	7.2 (5.9–8.0)	4.5 (4.0–5.1)	13.1	2.1
Nuclear receptor (g.39.1.2)	46	12	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Mn L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb S-Mj L-Bb L-Mn	0.9 (0.2–2.0)	6.5 (4.2–7.6)	4.8 (4.5–5.2)	12.3 (12.0–12.8)	4.0 (2.0–5.8)
Group I mobile intron endonuclease (d.95.2.1)	40	7	H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj H-Bb S-Bb S-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb S-Mj L-Bb L-Mj	1.8 (0.5–2.9)	6.2 (5.0–7.1)	4.9 (4.2–5.6)	13.9 (12.9–15.1)	4.2 (2.3–5.8)
N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins (b.113.1.1)	27	4	S-Bb L-Bb H-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb S-Bb L-Bb S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn S-Bb L-Bb L-Mn	0.5 (0.4–0.6)	–	–	–	–
C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins (g.39.1.8)	27	4	Miscellaneous L-Bb L-Bb L-Mj S-Bb S-Bb L-Bb S-Mj L-Bb	0.3 (0.3–0.4)	–	–	–	–
Phage repressors (a.35.1.2)	24	5	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Bb L-Mn	1.8 (1.0–2.6)	7.1 (5.9–8.2)	4.6 (4.3–4.9)	12.5 (11.8–13.6)	4.2 (2.4–5.5)
HLH, helix-loop-helix DNA-binding domain (a.38.1.1)	23	8	H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb	1.0 (0.2–2.6)	7.9 (7.2–8.3)	4.1 (3.1–4.6)	11.2	1.9
SRF-like (d.88.1.1)	22	4	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Mn H-Bb L-Bb H-Bb L-Mn L-Bb	2.7 (1.6–3.6)	6.7 (5.3–8.4)	5.1 (4.3–5.7)	10.9 (10.3–12.2)	4.1 (3.0–5.2)
Recombinase DNA-binding domain (a.4.1.2)	21	5	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Mj L-Bb	1.7 (1.0–2.4)	5.5 (3.6–6.2)	5.5 (5.3–5.8)	11.2 (10.4–12.4)	3.6 (1.8–5.8)
Middle domain of MutM-like DNA repair proteins (a.156.1.2)	21	4	Miscellaneous H-Bb L-Bb L-Mn	0.2	–	–	–	–
ets domain (a.4.5.21)	20	7	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn L-Bb	0.9 (0.5–1.5)	8.2 (7.3–10.5)	3.8 (3.0–4.4)	13.6	6.3
Zn2/Cys6 DNA-binding domain (g.38.1.1)	20	5	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb L-Bb L-Mj H-Mj L-Bb L-Mj H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn L-Bb L-Mj L-Mn	1.5 (0.8–2.5)	7.4 (4.7–10.9)	4.1 (1.1–5.8)	11.3 (11.1–11.5)	0.6 (-1.2–2.5)
Leucine zipper domain I (h.1.3.1)	20	5	H-Bb H-Bb H-Bb L-Bb L-Bb S-Bb S-Mn	1.0	11.9	1.5	–	–
Interferon regulatory factor (a.4.5.23)	18	3	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	1.6 (0.3–2.8)	5.8 (3.6–7.6)	5.2 (5.0–5.4)	11.0 (10.5–11.4)	5.1 (4.9–5.3)
Prokaryotic DNA-bending protein (a.55.1.1)	18	3	H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb L-Bb L-Mn H-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn S-Bb L-Bb L-Mn S-Bb S-Mn S-Bb S-Mn L-Bb S-Bb S-Mn L-Bb L-Mn	2.4 (0.6–5.6)	11.0 (10.8–11.1)	1.1 (0.3–1.9)	11.3	-1.2
Transcription factor IIB (TFIIB), core domain (a.74.1.2)	16	4	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb H-Bb L-Bb L-Mj	0.3	9.2	3.3	–	–
Myb/SANT domain (a.4.1.3)	14	6	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb	0.5 (0.1–0.6)	6.4	4.5	–	–
HMG-box (a.21.1.1)	14	8	H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb H-Bb H-Mn L-Bb L-Mn H-Bb L-Bb L-Mn H-Mn L-Bb L-Mn	5.1 (3.5–8.1)	10.9 (10.1–11.2)	1.2 (-0.1–2.0)	10.6 (9.6–11.4)	4.8 (0.4–7.5)
POU-specific domain (a.35.1.1)	12	3	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj	0.8 (0.7–0.9)	9.8	0.6	11.4	1.2
Paired domain (a.4.1.5)	10	6	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj L-Bb L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj L-Mn	1.2 (0.2–1.8)	7.8 (7.6–8.0)	4.7 (4.6–4.9)	9.7 (9.3–9.9)	5.7 (5.0–6.2)
AraC type transcriptional activator (a.4.1.8)	10	4	H-Bb H-Bb H-Bb H-Mj H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb L-Bb	0.7 (0.3–1.4)	–	–	–	–
Viral DNA-binding domain (d.58.8.1)	9	4	H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	2.8 (2.1–3.9)	7.1 (6.3–8.8)	4.6 (4.0–5.0)	8.4	5.2
Zinc finger design (k.12.1.1)	9	3	H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Mj L-Bb L-Mj	1.1 (1.0–1.3)	6.3 (4.9–7.1)	4.6 (4.5–4.8)	13.2 (12.5–13.8)	5.8 (5.5–6.3)
Replication initiation protein (a.4.5.10)	8	4	H-Bb H-Mj L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mn	0.7 (0.4–1.1)	7.5	4.6	12.5	5.6
Restriction endonuclease FokI, N-terminal (recognition) domain (a.4.5.12)	3	3	H-Bb L-Bb H-Bb H-Mj L-Bb L-Mj L-Mn H-Bb H-Mj S-Bb L-Bb L-Mj H-Bb L-Bb	1.1 (0.8–1.4)	–	–	12.6	-0.4